Filosofo greco antico presocratico, annoverato tra i fisici pluralisti, giunse alla conclusione che esistono, sparse in tutto l'universo, sostanze semplici, in continuo movimento. Sono particelle piccolissime che si raggruppano e si separano dando origine alle cose e agli esseri. Il movimento continuo è impresso alle particelle da una sostanza leggera e sottile, diffusa in tutto l'universo. Anassagora formulò inoltre ipotesi anche sul moto dei corpi celesti. Per le sue affermazioni fu considerato empio e fu allontanato da Atene.

Il pensiero di Anassagora presenta analogie con quello di Empedocle, secondo cui nulla nasce e nulla perisce, ma nascita e morte sono solo termini convenzionalmente utilizzati dagli esseri umani per identificare mescolanza e disgregazione delle parti dell'Essere.

A differenza di Empedocle, Anassagora chiama queste parti semi originari (spermata, in greco). I semi sono caratterizzati dall'essere di numero infinito, identici tra loro ed infinitamente divisibili; in seguito a questa definizione Aristotele li chiamerà anche omeomerie, cioè parti simili perché hanno gli stessi caratteri del tutto che entrano a costituire. L'oro, ad esempio, è costituito in prevalenza da semi d'oro, in esso però ci sono anche, in minor quantità, semi di tutte le altre sostanze. Perciò Anassagora dice "tutte le cose sono insieme" e "tutte le cose sono in ogni cosa". L'unione dei semi dà origine alla materia; essa si differenzia solo in base alla diversa qualità e quantità di semi presenti in essa.

Dai semi il filosofo distingue una forza che li fa muovere e li ordina, ed imprime loro l'energia necessaria alla trasformazione (o Divenire Continuo, simile al Ciclo Cosmico di Empedocle). Questa forza è un'intelligenza divina, il Nous, che governa i semi e non appartiene alla materia. Anassagora lo definisce intelletto.

Il nous di Anassagora costituiva però un concetto molto più sofisticato dell'amore-odio di Empedocle; esso, difatti, non aveva più nulla di antropomorfico, come invece erano l'odio e l'amore del filosofo di Agrigento. Per averlo ammesso, egli fu lodato da Platone e da Aristotele. Essi riconobbero al filosofo di Clazomene il merito di aver introdotto nella spiegazione della natura un principio intelligente che risultava separato dalle cose, anche se gli rimproverarono il fatto di non aver tratto tutte le conseguenze derivanti da una tale ammissione. Anche in età moderna un grande filosofo come Hegel apprezzò il nous di Anassagora affermando che con Anassagora si schiude un tutt'altro regno poiché con lui comincia ad apparire un raggio di luce, seppur fioco.

Anassagora infatti concepì tale nous come un'intelligenza divina che muoveva ed ordinava i semi secondo un disegno razionale. Tutte le trasformazioni, tutti i processi naturali erano governati e finalizzati da questa intelligenza cosmica che determinava l'armonia e la bellezza della natura. Tuttavia questo divenire cosmico presupponeva una fase precosmica in cui i semi, non ancora mossi e disciplinati dall'intelletto, formavano un miscuglio, ossia un caos originario: in esso i semi si trovavano in una condizione di confusione e di indistinzione, che non annullava però la loro intrinseca diversità qualitativa.

Grazie all'azione intelligente del nous, si era passati dalla fase precosmica a quella cosmica, tanto che il filosofo affermò “insieme erano tutte le cose e l'intelletto le separò e le pose in ordine”. Il nous era stato quindi la vera causa del mondo e del divenire cosmico.

A proposito della cosmologia di Anassagora, occorre fare menzione anche della sua teoria della pluralità dei mondi: i semi, unendosi e separandosi, formavano sistemi planetari simili al nostro, quindi esistevano altri corpi celesti analoghi al Sole, alla Luna e alla Terra.

Platone ed Aristotele tuttavia, come si accennava, rimproverarono ad Anassagora il fatto di aver concepito questa forza intelligente solo come forza meccanica, ossia come causa meccanica del divenire, e non come causa finale, ossia come finalità intelligibile, cioè non materiale, operante nella materia e in grado di orientarla nella formazione e strutturazione razionale degli enti (tanto per intenderci la causa finale era quella per cui il seme diventava pianta o organismo).

Naturalmente quella di Aristotele e Platone era una critica a posteriori, che rispecchiava il loro punto di vista, e comunque l'azione del nous, essendo intelligente, implicava necessariamente uno scopo e una finalità, anche se Anassagora non insistette su tale aspetto.

Il nous quindi pose quei problemi di interpretazione che abbiamo incontrato già in Empedocle a proposito dell'amore e dell'odio: quale era la natura del nous? Come esso si rapportava ai semi?

Nel tempo sono state date differenti interpretazioni: intanto il nous, pur operando sui semi e al loro interno, non coincideva con essi, ma era separato dalle cose e dal divenire.

Il nous in sostanza era interno al mondo ma si distingueva comunque dai semi, non era costituito da essi. Abbiamo quindi anche in Anassagora la riproposizione di quel rapporto di immanenza (dentro) e trascendenza (fuori) che valeva per le due forze di Empedocle.

Circa la misteriosa natura di questa mente divina sono state prospettate almeno due interpretazioni: una naturalistica e una spiritualistica. Secondo la prima ipotesi il nous, pur non coincidendo con i semi, costituiva comunque una sorta di essenza materiale, anche se si trattava di una materia pura, semplice ed incorruttibile, di una specie di livello profondo e nascosto della materia, quindi in qualche modo diverso dalla materia degli enti naturali.

La seconda ipotesi attribuisce invece al nous di Anassagora una natura immateriale.

Il filosofo di Clazomene avrebbe cioè già intuito il concetto di essenza o forma ideale, che sarà elaborato da Platone e Aristotele. Tuttavia risulta difficile, se non impossibile, stabilire quale di queste ipotesi sia quella più aderente al modo di pensare di Anassagora, in quanto egli non diede spiegazioni illuminanti su tale aspetto, che resta quindi irrisolto: comunque, interpretazioni a parte, sicuramente si può affermare che “in Anassagora il pensiero del divino (dell'arché) si affina, ma non riesce a sganciarsi dai presupposti naturalistici”.

È stato osservato inoltre che la visione anassagorea della Mente divina che tutto muove ed indirizza verso il bello ed il buono abbia costituito una prima forma di "concezione ottimistica del mondo".

Ad Anassagora viene fatto risalire anche il principio morale della "meditazione sulla morte", cosa di cui sembra che il filosofo fosse solito discutere insieme a Pericle. Il concetto del "prendersi cura della morte" avrà poi largo seguito nel pensiero filosofico. Alla figura di Anassagora, sotto questo profilo, si ispireranno gli Stoici, che ammirarono l'imperturbabilità di cui dette prova alla notizia della morte del figlio, allorché rispose lapidariamente: "Sapevo di averlo generato mortale". In epoca latina, sarà Cicerone a servirsi del principio della meléte thanàtou nelle Tuscolanae disputationes, riconducendolo però a Socrate: «Infatti la vita del filosofo, sempre secondo il medesimo [Socrate] è tutta una preparazione alla morte».