Sebbene le tematiche gnoseologiche abbiano assunto importanza soprattutto a partire dal XVII secolo, in concomitanza con la nascita della scienza moderna, la questione della conoscenza si è posta fin dalle origini della filosofia. In particolare, così come si è consolidata nell'età moderna ad opera della speculazione filosofica di Kant, la gnoseologia si occupa dell'analisi dei fondamenti, dei limiti e della validità della conoscenza umana, intesa essenzialmente come relazione tra soggetto conoscente e oggetto conosciuto.
Dopo Kant, con la nascita dell'idealismo tedesco la gnoseologia sembrò prendere il sopravvento sull'ontologia, anche se in Fichte e Schelling queste due discipline si mantengono pur sempre su un livello paritario, poiché l'Idea da cui essi fanno scaturire il reale è coglibile ancora soltanto con un atto intuitivo (assimilabile all'Uno neoplatonico).
Sarà con Hegel che l'ontologia risulterà definitivamente assorbita dalla Gnoseologia. Hegel infatti costruì un sistema Logico che aveva la pretesa di essere anche ontologico. Le categorie conoscitive, che in Kant erano puramente "formali", diventano insieme "forma e contenuto": sono cioè categorie logiche-ontologiche. Hegel si trova quindi agli antipodi di Parmenide e Plotino: la conoscenza per lui non avviene a livello immediato e intuitivo, ma è il frutto di una mediazione razionale, è il risultato cioè di un processo con cui la ragione arriva a dedurre da sé tutta la realtà. Fu l'apoteosi della gnoseologia.
Solo nel Novecento Heidegger cercò di ridare la supremazia all'ontologia, affermando che l'Essere non può mai essere ridotto ad oggetto, perché esso sempre ci trascende. Presumere di poterlo dedurre razionalmente, dandogli un predicato, è stato l'errore fondamentale della metafisica occidentale.
Ma la gnoseologia era giunta ormai ad un punto di svolta, presumendo finalmente di trovare nel sapere scientifico quella garanzia di certezza e oggettività che era stata a lungo inseguita dalla filosofia; e d'altro lato separava nettamente questo sapere dai contenuti della metafisica, a cui Kant per primo aveva negato quelle caratteristiche che ai suoi occhi apparivano come la chiave di successo della fisica e della scienza moderne. Per un verso il dibattito si è trasferito così in ambito strettamente epistemologico, dando luogo al positivismo ottocentesco e quindi ai vari indirizzi della filosofia analitica, sostanzialmente eredi della tradizione empirista anglosassone; per altro verso permane l'ambito della cultura umanistica, artistica e letteraria, separato da quello scientifico da una profonda linea di demarcazione, radicato nell'Europa continentale, portatore delle istanze idealistiche, romantiche, e infine esistenzialiste.
